1989 – Návrat demokracie a léta devadesátá
Mezníkem, který výrazně promluvil do dalšího života školy, jak po personální stránce tak i koncepční, byl listopad 1989. Dochází k zásadnímu společenskému zvratu, je likvidována vedoucí úloha KSČ a jsou vytvořeny základy pluralitního politického systému. Listopadové události měly podobně jako v celé republice značný ohlas u studentů i profesorů, ale dramatické akce přímo na škole neproběhly. Žáci projevili svoji podporu a sympatie vysokoškolským studentům symbolickým zapálením svíček u pomníku padlých na bratrušovské střelnici. Profesorský sbor využil možnosti volby nového ředitele z řad pedagogů gymnázia a většinou hlasů byl v lednu 1990 ředitelem zvolen prof. Karel Coufal, který na škole působil od roku 1963. Symbolický návrat demokracie vyjadřuje nová busta prezidenta T. G. Masaryka i návrat názvu náměstí před školou (náměstí Pionýrů se proměnilo opět na Masarykovo náměstí).
Škola se v devadesátých letech postupně výrazně proměňuje a modernizuje v závislosti na finančních podmínkách fungování. Do učeben je zaváděna moderní dobová audiovizuální technika, dvě učebny jsou zařízeny pro počínající výuku výpočetní techniky a počítačová síť byla instalována prakticky po celé budově školy. V lednu 1999 již byly všechny kabinety školy vybaveny počítači, postupně se instalovaly lokální tiskárny. V únoru 1999 se celá školní síť připojila k Internetu, všichni žáci i učitelé měli zřízenu emailovou adresu a téhož roku byla zaregistrována webová doména www.gymspk.cz.
Důležitým rysem rozvoje školy se staly změny v oblasti výuky cizích jazyků. Škola navázala partnerské kontakty postupně se třemi středními školami v zahraničí: Niftarlake College v Maarssenu, BGRB Singrienergase ve Vídni a Ernest Bewin School v Londýně. Už v roce 1995-96 se uskutečnily výměnné pobyty se všemi těmito školami. Jako nejživotaschopnější se ukázala spolupráce s první jmenovanou školou, výměnné pobyty s Maarssenem se staly pevnou součástí života školy. Studenti, kteří se pobytů účastní, získávají vynikající příležitost vyzkoušet si cizí jazyky v praktickém životě a v běžných každodenních situacích.
Na začátku července 1997 se gymnáziu nevyhnula přírodní katastrofa, budovu školy zasáhla povodňová voda, která na Moravě dosáhla rozměrů stoleté vody. Z šumperských škol utrpělo gymnázium největších škod. Voda zaplavila suterén do výšky 150 cm a značné škody napáchala v nově rekonstruované plynové kotelně, v kuchyni a jídelně. Voda rovněž zalila tělocvičnu i s přístupovou chodbou, školní dvůr i učebny v suterénu ředitelské vilky. Prostranství Masarykova náměstí bylo kompletně pod vodou do kulminační výšky cca 40 cm.
Ve školním roce 1997-98 nastala změna ve vedení školy. V konkurzu na místo ředitele uspěl Mgr. Vladimír Vlček.
Začátek školního roku 1999-2000 přinesl další novinku, která se postupně stala nedílnou součástí životního cyklu tříd na škole. Nově přijatí žáci se tehdy poprvé účastnili úvodních adaptačních kurzů. Kurzy pod názvem GO-99 připravili lidé z katedry rekreologie Fakulty tělesné výchovy Univerzity Palackého. Tyto týdenní akce pro nově přijaté třídy (pro každou z nich se vytváří zcela originální program) umožňují rychlé neformální seznámení se mezi sebou, s třídním učitelem, přináší možnost ověřit si svoje schopnosti a naučit se komunikovat v novém prostředí. Do týmů organizátorů byli postupně v dalších letech přibíráni jako instruktoři i stávající studenti školy, kteří tímto způsobem získali cenné zkušenosti s týmovou prací, vedením lidí, komunikací a zážitkovou pedagogikou. Oblíbeným regionem pro organizování kurzů bylo zejména okolí Starého Města pod Sněžníkem.
Rok 1999 byl také rokem rozhodnutí o vzniku Nadačního fondu při šumperském gymnáziu. Jeho účelem je podpora všestranného rozvoje vzdělávání studentů a garantování mimovýukové činnosti (sportovní a poznávací aktivity, studijní pobyty, společenské akce, výměnné pobyty apod.).